2012年清明三天小长假期间（4月2日至4月4日），地铁4号线客运总量达283万人次，日均94万人次，其中4月3日客运量突破102万人次，达节日最高峰。大兴线客运量达59万人次，日均20万人次，其中最高为4月3日达21万人次。客流量前三名的车站分别为北京南站、北宫门站、西单站，换乘量前三名的车站为西直门站、宣武门站、西单站。 2012年清明三天小长假期间（4月2日至4月4日），4号线及大兴线按照双休运行图组织行车，三天共开行列车1680列次，增开临客12列次，列车兑现率100%，正点率100%，客运组织总体平稳有序。
节日期间，沿线重点车站如宣武门站、西单站、北京南站等，客流增长明显。其中，根据上级指示，4月2日至4月4日三天，4号线动物园站从上午10点起至晚7点采取了封站措施，列车通过不停车，以保障乘客安全、缓解站内运营压力。车站通过增加广播、张贴临时告示并加派工作人员等方式进行客流疏导，乘客表示了充分理解和配合，进出站秩序良好。
除动物园站外，西单站也经受了较大的客运压力。节日期间西单进、出站量比平日增加近59%。车站采取了临时限流措施，在站台中部、楼梯处增加工作人员对乘客进行有效疏导，缓解站台候车压力。
大兴线天宫院站由于临近天堂公墓，三天假期期间日均进、出站客流量比平日增长了31%。为方便乘客出行及扫墓，车站加派了工作人员进行客流疏导，缓解客流增长带来的运营压力。天宫院站在站内重点位置如楼梯处、出站闸机处等增加了扫墓路线的指示牌和告示，在站台、闸机、出入口等加派人手，为每个工作人员制作了一份有关扫墓路线的相关资料，及时解答乘客的咨询，为乘客提供了热情、细致的服务。
在其他沿线重点车站，如北京南站、中关村站、宣武门站等，京港地铁均加派了工作人员，根据提前制定的运营组织方案，加强站内客流监控，加大重点部位如进站口、站台等处的客流疏导力度；同时，各换乘站加强了对重点部位如换乘通道、楼梯等处的监控，及时对客流进行疏导，避免乘客在换乘通道内及楼梯处拥堵。在高峰时段，特别在出入口、闸机、安检机、站台等位置加强巡视及疏导。除了增加车站工作人员外，各车站还通过站内广播、乘客信息显示系统（PIS）等手段，及时向乘客传达客运信息，保证车站客流组织顺畅。
节日期间，4号线及大兴线维修部门加强了对重点设备如车辆、安全门、电梯等设备设施的巡查次数和检修力度。各专业也安排人员在线上巡视，对设备运转情况进行监控，保障乘客的安全，确保车辆及各系统设备安全、可靠、稳定运行。
遵循“逢包必检，逢液必查，逢疑必问”的原则，清明节期间，4号线和大兴线各车站进一步加大了安保安检力度，三天过检包数1571887件，共查出违禁品238件。