2021年清明假期期间（4月3日至4月5日），京港地铁所辖各线总客运量共计438万人次，较去年同期增加了3倍，全线合计最高日均客流达150万人次。从车站来看，清明假期期间，4号线北京南站、西单站日均客流较大。清明假期期间，京港地铁所辖各线共计开行列车4272列次。其中4号线及大兴线共开行列车1662列次；14号线共计开行列车1806列次；16号线共计开行列车804列次，京港地铁所辖各线客运组织整体平稳有序，保障了清明假期乘客的顺畅出行。
同时，为做好北京南站地区的轨道交通运输接驳，应对可能出现的大客流情况，保障晚间抵京旅客顺利出行，4月5日，京港地铁4号线北京南站延长运营，由北京南站开出的上行方向（开往安河桥北站）末班车发车时间由23:15延长至次日0:15。
假期期间，京港地铁重点关注4-大兴线天宫院站、4号线及16号线西苑站等靠近陵园墓地的车站，加强对乘客的疏导和指引服务，方便祭扫乘客的出行。4号线北宫门站、圆明园站和动物园站等临近公园、景区的车站，也安排工作人员在自动售票机、闸机附近，做好乘客引导工作。
清明假期期间，京港地铁各线维修部门也加强了对重点设备设施如车辆、安全门、电梯等的巡查次数和检修力度。各专业也安排人员在线路上进行巡视，对设备运转情况进行监控，确保车辆及各系统设备安全、可靠、稳定运行。
同时，京港地铁所辖各线坚持“人物同检”的要求执行安检工作，加强对违禁物品的查处力度。清明假期期间，共查出违禁品806件，主要包括水果刀、刀片等，保障了乘客的出行安全。
京港地铁温馨提示乘客，地铁出行请佩戴好口罩，为了能够在做好疫情防控工作的同时方便乘客出行，京港地铁在所辖4号线、14号线、16号线共计39座车站设置了68台相关设备，方便乘客随时购买一次性医用外科口罩，加强个人防护。请乘客配合车站做好体温检测工作，出行前可通过京港地铁官方微博获取运营动态，以便合理安排出行时间。