2021年五一假期于5月1日（周六）开始至5月5日（周三）结束。假期期间，京港地铁所辖各线总客运量共计716.9万人次，其中最高日客运量出现在5月1日，达156.7万人次。从车站来看，4号线北京南站、动物园站、14号线将台站日均客流量较大。假期期间，京港地铁所辖各线共计开行列车8184列次，为保障乘客顺畅出行，4号线加开临客56列，多运送乘客约2.5万人次，京港地铁所辖各线客运组织整体平稳有序。
为做好北京南站地区的轨道交通运输接驳，保障晚间抵京旅客顺利出行，4月30日，5月1日、5月4日及5月5日京港地铁采取了延长运营的举措保障乘客出行。其中，5月4日及5月5日，京港地铁4号线北京南站、14号线东段东风北桥站末班车时间延长至次日2点，方便乘客出行。
今年五一假期期间，京港地铁所辖线路客流量较大的车站有北京南站、动物园站、西红门站、将台站及九龙山站，其中4号线北京南站总客运量为121.6万人次；京港地铁所辖各线换乘站中，日均换乘量较多的车站有北京南站、西直门站，其中北京南站日均换乘量最高，达28.1万人次。
针对假期客流较大的特点，京港地铁所辖各线各车站均根据提前制定的客运组织方案，加强了站内客流监控，加大重点部位如出入口、闸机、安检机、站台等处的客流疏导力度；同时，各换乘站加强了对重点部位如换乘通道、楼梯等处的监控，保障乘客在换乘通道及楼梯处的安全；此外，各车站还通过站内广播提示乘客出行路线。
假期期间，4号线、大兴线、14号线及16号线的维修部门加强了对重点设备设施如车辆、安全门、电梯等的巡查次数和检修力度，确保车辆及各系统设备安全、可靠、稳定运行。
在地铁安检方面，京港地铁所辖各线坚持“人物同检”的原则，五一假期期间，京港地铁所辖各线车站进一步加大了安保安检力度，共查出违禁品1669件，主要包括管制器具类、易燃易爆物品类，如水果刀、喷雾、发胶等，全面保障了乘客的出行安全。
京港地铁温馨提示乘客，地铁出行请佩戴好口罩，为了能够在做好疫情防控工作的同时方便乘客出行，自4月26日起，京港地铁在所辖4-大兴线、14号线、16号线共计75座车站设置了102台相关设备，方便乘客随时购买一次性医用外科口罩，加强个人防护。请乘客配合车站做好体温检测工作，出行前可通过京港地铁官方微博获取运营动态，以便合理安排出行时间。