2020年清明假期期间（4月4日至4月6日），京港地铁所辖各线总客运量共计105.2万人次。其中，4号线及大兴线客运量共计61.9万人次；14号线客运量共计36.9万人次；16号线北段客运量共计6.4万人次。受疫情影响,京港地铁清明假期客流较往年同期有所下降。
清明假期期间，京港地铁所辖各线共计开行列车4236列次。其中4号线及大兴线共开行列车1662列次；14号线共计开行列车1806列次；16号线北段共计开行列车768列次。京港地铁所辖各线客运组织整体平稳有序，保障了清明假期乘客的顺畅出行。
今年清明假期，京港地铁4号线及大兴线日均进出站量较大的车站有西单站、西红门站，14号线日均进出站量较大的车站有将台站、九龙山站，16号线北段日均进出站量较大的车站有北安河站、永丰站；京港地铁所辖各线换乘量较多的车站有西直门站、金台路站、角门西站。
清明假期期间，京港地铁重点关注4号线天宫院站、4号线及16号线西苑站等靠近陵园墓地的车站，按照专项方案，加强对乘客的疏导和指引服务，方便祭扫乘客的出行。4号线北宫门站、圆明园站和动物园站等临近公园、景区的车站，也安排工作人员在自动售票机、闸机附近，做好乘客引导工作。
同时，清明假期仍处于疫情期间，为给乘客提供安全、健康的出行环境，京港地铁设置了列车满载率观察员，对车站进行多点位客流监控，并结合分时客流监测系统，做好客流的科学、精细化管控；持续强化消毒及通风工作、做好票卡消毒工作；所有车站严格执行体温检测，乘客进站乘车须佩戴口罩，同时，引导乘客与其他乘客保持一定安全距离，为乘客安全、顺畅出行保驾护航。
清明假期期间，京港地铁各线维修部门也加强了对重点设备设施如车辆、安全门、电梯等的巡查次数和检修力度。各专业也安排人员在线路上进行巡视，对设备运转情况进行监控，确保车辆及各系统设备安全、可靠、稳定运行。
同时，京港地铁所辖各线坚持“人物同检”的要求执行安检工作，加强对违禁物品的查处力度。清明假期期间，共查出违禁品404件，保障了乘客的出行安全。